Beyond Compare не может «открываться с» Notepad ++ для удаленных файлов, только для локальных файлов, потому что BC отправляет полный удаленный путь к программе «открыть с». Это в списке желаний BC, но просто пока невозможно.
BC не использует локальные временные копии удаленных файлов, как это делает WinSCP. Кроме того, сама NPP не может открывать удаленные файлы, потому что она понимает только локальные файлы (у нее нет интерфейса SFTP).
Так что в настоящее время нет способа сделать то, что я хочу сделать. Придерживайтесь WinSCP, или придерживайтесь BC, или используйте смесь в зависимости от того, что важно в конкретной задаче.