Ха ха Это была не проблема Xmonad, это была проблема Synaptics. Множество прочтений привело меня на страницу Ubuntu Synaptics, где я понял, что существуют отдельные настройки для вертикальной прокрутки с двумя пальцами и горизонтальной прокрутки с двумя пальцами. Я сделал следующее в терминале, и теперь все работает:
synclient HorizTwoFingerScroll=1