Я не знаю насчет mplayer, но у Rhythmbox есть возможность плавного перехода между треками. Чтобы активировать его, перейдите в «Правка»> «Настройки»> «Воспроизведение» и установите флажок « Перекрестное затенение» .
Есть также функция Auto-DJ в Mixxx, которая делает это, но она может быть немного излишней для ваших целей.