Если вы ограничены только FAT32 и NTFS, то вы не можете извлечь этот архив и хранить оба xt_DSCP.hи xt_dscp.hв одном и том же каталоге - оба имени относятся к одному и тому же файлу.
NTFS знает о регистре (если вы храните файлы в верхнем или нижнем регистре, это должно сохраняться), хотя вы не можете хранить два файла в одном каталоге, имена которых отличаются только регистром.
Есть варианты для монтирования файловых систем ext в Windows, хотя я не могу комментировать, насколько хорошо это будет работать - похоже, что стандартные утилиты Windows, например explorer.exe, не в состоянии справиться с этим правильно.
Лучшим решением было бы перестроить проект так, чтобы этого не произошло.