Может быть, я что-то упускаю, но зачем вообще удалять и заново создавать пользователя, если все, что вам нужно, это очистить домашний каталог?
Вы не можете просто сделать
rsync -a --delete /etc/skel/ /home/student/
каждый раз, когда пользователь выходит из системы?
Может быть, также убить все пользовательские процессы, если таковые остались, но это все.
ОБНОВЛЕНИЕ: чтобы изменить владельца файлов, вам нужно просто запустить
chown -R student:student /home/student/*
после rsync.
Я сомневаюсь, что разрешения должны быть изменены, но если это так, вам придется делать это для каждого файла, что-то вроде
chmod +x /home/student/bin/*