От: http://www.futuremark.com/community/hardwarevocabulary/3/#M
Таблица основных файлов MFT.
Во многих отношениях MFT является обновленной версией таблицы размещения файлов (FAT). Вместо простого списка адресов файлов на жестком диске MFT содержит атрибуты самого файла или каталога. Эта информация будет включать такие элементы, как имя и адрес, а также сведения о безопасности или разрешения. Если помечаемый файл имеет небольшой размер, данные файла могут фактически сохраняться в записи MFT, что делает доступ к таким данным очень быстрым.
Это заставляет меня думать, что вы не должны просто копировать его с одной машины на другую, поскольку они не будут идентичны. Это не информация о разделах, а о реальных данных на диске.
Вы пробовали запустить chkdsk с консоли восстановления установочного носителя Windows?