В Баш:
diff <(sort file1 | cut -d, -f 1-2) <(sort file2 | cut -d, -f 1-2)
Но diff
будут видеть только два столбца, поэтому его вывод (если есть разница) будет ограничен ими. Я не знаю, приемлемо ли это для вас.
Это простое решение не сработает, если ваши файлы обрабатывают запятые, кавычки и т. Д. В этом случае следует использовать более специализированные инструменты (например, импортировать файлы в электронную таблицу и работать там).