Порядок загрузки устройств в системном BIOS. Сначала вы должны убедиться, что в качестве первого загрузочного устройства указан правильный жесткий диск. Однако он должен попытаться загрузиться с других дисков, кроме USB, если это настроено. Таким образом, вы можете оставить USB как «перезаписывающий» загрузочный диск, если это необходимо - и иметь загрузочный носитель USB.
Другим местом, где может быть эта зависимость, является загрузчик (например, GRUB или Lilo). Поэтому убедитесь, что загрузчик также обращается к нужному диску. При обычной установке система должна загружаться с первого жесткого диска, hd (0, 0) в GRUB.