Под способом компиляции вы подразумеваете «настроить», «сделать» и «сделать установку»?
Если да, вы можете вернуться в тот же каталог (который содержит исходный код), где вы выполняли эти команды make ... Затем вы можете запустить "make uninstall", чтобы удалить пакет.
Вы можете увидеть более подробные инструкции по установке и удалению здесь:
http://articles.slicehost.com/2007/12/3/ubuntu-gutsy-installing-nginx-from-source
Примечание. В большинстве пакетов есть цель удаления, так что «make uninstall» работает правильно. Однако это не всегда так, и удаление таких программ может быть проблематичным. Для Nginx, похоже, что цель удаления предусмотрена и «make uninstall» работает нормально.