Свести рисунок (доступ к которому можно получить из всплывающего меню на панели «Слои») уменьшит несколько слоев до одного нового слоя. Имейте в виду, однако, что некоторые обтравочные маски могут быть потеряны, если они были размещены в корне определенного слоя, а не в группе с объектами, которые они обрезают. (Я имел дело с этим несколько раз в прошлом с работами, предоставленными конкретным клиентом)
Другим моим советом было бы убедиться, что необходимо либо периодически экономить во время обширного редактирования в Illustrator, либо иметь несколько резервных копий своих художественных работ на случай стихийного бедствия. Я могу засвидетельствовать, что возможность вернуться назад всего несколько минут назад, а не несколько часов назад, - это хорошее чувство! :) Извините, что слышал о вашем неудачном опыте - Illustrator является мощным программным обеспечением, но иногда он может быть слишком мощным для своего же блага.