Этот пост в блоге выглядит так, как будто он может вам помочь (хотя он предполагает, что читатель - это не «супер пользователь»!). В нем подробно описывается использование инструмента командной строки ffmpeg.exe для преобразования видео. ffmpeg очень хорошо рассматривается и используется как движок для управления многими приложениями для конвертации GUI.
Это просто случай создания пакетного файла, который вызывает исполняемый файл ffmpeg с соответствующими параметрами, а затем периодически запускающего его, возможно, в виде запланированной задачи.