Это связано с наутилусом рендеринга рабочего стола. Вы можете запустить nautilus без рабочего стола, nautilus --no-desktop
но, кажется, не всегда есть возможность сделать это таким образом.
Либо сделайте что-то вроде создания сценария оболочки в ~/bin
named nautilus
, exec /usr/bin/nautilus --no-desktop "$@"
либо внесите исправление nautilus, чтобы --no-desktop
опция всегда была включена.