После игнорирования phpMyAdmin и перехода на Drupal я столкнулся с той же проблемой. После быстрого поиска я нашел это:
http://www.redbarontech.com/content/drupal-running-chroot
После копирования файлов часовых поясов в тюрьму chroot, как описано в статье, Drupal и phpMyAdmin начали работать. Я обновил вопрос, чтобы сделать его немного более общим.
Редактировать:
Вот соответствующая команда из статьи:
cp -fR /usr/share/zoneinfo/* /jail/usr/share/zoneinfo/
Я просто адаптировал его под свои настройки.