Я думаю, что вы испытываете «общее» поведение, в то время как вам нужно «личное». Смотрите man 8 mount:
Операции с общими поддеревьями.
Начиная с Linux 2.6.15, можно пометить монтирование и его дополнительные монтируемые ресурсы как общие, частные, подчиненные или несвязываемые. Совместное монтирование предоставляет возможность создавать зеркала этого монтирования таким образом, чтобы монтирование и размонтирование в пределах любого из зеркал распространялось на другое зеркало. […] У частного маунта нет способностей к распространению. [...]
Решение: после mount --bind …и до mount -t overlay …вызова:
sudo mount --make-private /home/username/Store/Orig/usr