Для этой простой задачи HTTP-интерфейс Motion можно использовать напрямую с wget или аналогичным.
Прямо из FAQ :
0 9 * * * root /usr/bin/lwp-request http://localhost:8080/0/detection/start > /dev/null 0 18 * * * root /usr/bin/lwp-request http://localhost:8080/0/detection/pause > /dev/null