Обычно BIOS позволяет настраивать различные RAID-массивы, и такие массивы представляются в виде обычных дисковых (IDE?) Накопителей в системе - загрузчик установки Windows легко их видит и позволяет устанавливать. Конечно, для установки вам нужны драйверы производителя на дискете (F6).
Лично я предпочитаю иметь системный раздел на обычном (не RAID) диске, но я видел (помог установить) много конфигураций только с материнской платой RAID0 (или RAID1).
Что я не рекомендую, так это установить работающую систему на один диск, затем добавить массив RAID и установить вторую ОС на RAID, а затем удалить один диск. Таким образом, загрузчик может оставаться на одном диске, и RAID не сможет загрузиться сам по себе.
Чтобы избежать такой ситуации, перед установкой на RAID удалите один диск - чтобы скопировать старые данные, вы можете потом добавить его снова.