Зависит от вашего Java-приложения или программного обеспечения, которое будет использовать Java SE Runtime Environment (JRE).
Большинство автономных приложений (не через браузер) будут довольны либо x86, либо x64 (32/64-битной) Java. Вам может быть лучше использовать 64-битную версию, если ваша ОС и любое автономное приложение, которому требуется Java, может поддерживать 64-битную версию.
Если вы планируете использовать Java в браузере, большинство браузеров 32-битные, и если у вас ТОЛЬКО Java 64-битная версия, браузер не сможет его использовать. Это когда вам нужно иметь 32-битную Java (x86).