Ваш \t
не интерпретируется как символ табуляции. Для этого вы можете / должны использовать строку ANSI, чтобы ваша команда стала
join -t $'\t' f1.txt f2.txt -1 2 -2 1 > f3.txt
с $
до, '\t'
поэтому он будет интерпретироваться как вкладка, как вы хотите.
Удобный ресурс для цитирования вещей, bash
по крайней мере, доступен здесь