Пытались ли вы найти, на каких процессах или сервисах запущены 3000
, иногда простой lsof -i:3000
должен найти эти процессы. Используйте, kill -9 [pid]
чтобы убить процесс.
Кроме того, вы должны убить процесс под пользователем, который его создал.