Если вы хотите изменить тип файловой системы, вам придется использовать такой инструмент, как rsyncили tarили fsarchiver. Главное, что я думаю, это рассмотреть возможность поиска другой системы резервного копирования, чем использование rsyncи использование жестких ссылок.
Проблема заключается в том, что жесткие ссылки и использование дублирующих каталогов для инкрементных резервных копий являются очень неэффективной структурой данных для хранения информации о резервных копиях. Это одна из причин, почему использование rsyncдля копирования всех этих резервных копий является медленным и болезненным. Это также означает, что использование fsckдля выполнения проверки целостности собирается занять много памяти для того, чтобы убедиться, что количество ссылок на все файлы будет принимать большое количество памяти --- по той же причине, что rsync, tar, fsarchiver, и т.д. ., потребуется большой объем памяти.
Поэтому я рекомендую взглянуть на систему резервного копирования, такую как bacula, которая использует правильную базу данных для хранения каталога резервных копий файлов, вместо того, чтобы пытаться использовать каталоги для хранения этой информации. И использовать это как возможность перейти к гораздо более масштабируемому решению для резервного копирования.