Чтобы добавить вид ответа сам:
Я не решил проблему, но получил больше эмпирических данных. Наложенная файловая система fuse, которая объединяет исходный образ CD / DVD и раздел r / w-ext2, не очень хорошо справляется с удалением (особенно если не файлы, но папки удаляются), а также не справляется, если приходится много файлов быть заменены новыми версиями. По сути, объединенное состояние должно храниться на RAM-диске, что может серьезно ограничить стабильность системы, если не хватает ОЗУ для хранения всех файлов. Обычно у вас также нет раздела подкачки на USB-накопителе.
Мой совет: не используйте систему персистентности для обновления всей ОС. Не используйте его для производственных систем.