Проблема в том, что вы работаете в Linux.
Стандартным способом было бы открыть документ в Acrobat (или более новом Reader (XI или новее)), экспортировать комментарии и повторно импортировать их в новый документ.
ОДНАКО, позиции аннотаций будут одинаковыми, и, в зависимости от вида аннотаций, вы будете иметь некоторые тяжелые перетасовки вокруг аннотаций. Это даст вам прекрасную возможность тщательно прочитать документ.
Обратите внимание, что последний абзац будет действителен для любого решения, которому вы следуете, потому что аннотации НЕ связаны с основным текстом; все они указаны через их положение на странице.