Версия ImageMagick по умолчанию не должна запускаться с флэш-накопителя USB. При запуске программа сохраняет настройки в виде записей реестра на локальном ПК.
Вместо этого используйте портативные .zipверсии, доступные на официальной странице загрузки ImageMagick .
Я рекомендую x64версию для большинства пользователей. Если проблема заключается в совместимости с устаревшими 32-разрядными ПК, используйте x86вместо этого версию.