Вероятно, это связано с «поддельной прозрачностью», когда термин просто делает снимок того, что находится под ним, и использует его в качестве фона.
Вы можете попробовать urxvt aka rxvt-unicode ( выбранный преемник aterm ), который поддерживает фальшивую и реальную прозрачность. Я считаю, что для реальной прозрачности также нужен менеджер компостирования, такой как Xcompmgr, Cairo-compmgr или Unagi (или Compiz WM, но я сомневаюсь, что вы хотите оставить Xmonad только для этого).