По словам менеджера пакетов Debian, это может сделать schedtool. (Тем не менее, это инструмент командной строки)
Не знаю каких-либо инструментов GUI.
В этой статье http://www.linuxjournal.com/article/6799 говорится, что Linux опоздал на игру по настройке привязки к процессору. Также с ядрами 2.5 и новее эффект пинг-понга отсутствует, процессы, как правило, остаются на одном процессоре. Поэтому установка соответствия процессоров МОЖЕТ быть необязательной.