Настройка включающих путей в LSF-bsub

895
WYSIWYG

Я выполняю большую работу на HPC. Но установленные программы для работы - старые версии, и у меня есть новые версии в моем домашнем каталоге. Я могу войти в любой узел, экспортировать путь к новым версиям, используя export PATH=/home/bharat/scratch/bin/:$PATH. Однако я не уверен, что если я экспортирую путь в свою оболочку входа в систему и отправлю задание с помощью bsub, то будет ли вновь экспортированный путь использоваться всеми узлами, на которых выполняется задание.

Я могу скопировать эти файлы в один из стандартных каталогов включения, но мой системный администратор не слишком готов сделать это для меня в ближайшее время .

Каков наилучший способ экспортировать путь во все узлы? Могу ли я написать сценарий оболочки с помощью команды экспорта + команда задания и передать этот сценарий bsub?

0

1 ответ на вопрос

0
Michael Closson

What is the best way now to export the path to all nodes? Can I write a shell script with the export command + the job command and pass this script to bsub?

Yes. Write a script (say its named myscript) that both sets the PATH and then starts your program. Then submit your job with the command line bsub myscript. Your local installation will be used rather than the system installation.

An even simpler option, LSF will set the environment variables of the submission environment into the execution environment, including PATH.

[mclosson@hostA ~]$ echo $PATH /lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/bin:/usr/bin [mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH' Job <217> is submitted to default queue <interactive>. <<Waiting for dispatch ...>> <<Starting on hostB>> /lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin

Now update your path so that it includes the local installation of your program.

[mclosson@hostA ~]$ export PATH=/tmp/xxx:$PATH [mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH' Job <218> is submitted to default queue <interactive>. <<Waiting for dispatch ...>> <<Starting on hostB>> /lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/tmp/xxx:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin

Похожие вопросы