Я полагаю, что будет быстрее запускать ВМ из необработанного раздела после того, как все блоки SSD будут записаны, потому что команды TRIM от гостевой ОС будут передаваться на SSD, что не будет иметь место (AFAIK), если виртуальная машина работала из файла.
С тех пор я написал сообщение в блоге, описывающее, как настроить гостевую систему Windows 7, работающую с необработанного раздела SSD под хостом Ubuntu 11.10.