Вы можете добавлять, удалять, редактировать столько файлов, сколько вы хотите в одной ревизии. Когда вы фиксируете изменения, вносятся изменения, а не когда вы делаете одно действие, такое как добавление или удаление папки.
Просто сделайте все, что вы хотите сделать, ТОГДА совершить в SVN.