Это должно происходить автоматически, если ваш оконный менеджер поддерживает расширения Xinerama (да, даже если вы используете nVidia TwinView без Xinerama.) Я использую Awesome в качестве моего оконного менеджера, и он прекрасно справляется с этим - никакие окна никогда не отображаются на экране области.
В качестве альтернативы вы можете переключиться на отдельные экраны X вместо использования TwinView / Xinerama. Этот метод удаляет любую область за пределами экрана за счет невозможности перемещать окна между экранами.