Поскольку вы слушаете только ipv6, php, должно быть, понял это и устанавливает соединение ipv6.
Возможно, HeidiSQL не поддерживает ipv6, пытается подключиться к mysql на ipv4 и не работает. Если вы измените свой bind-address
в разделе my.cnf
mysqld на
bind-address=127.0.0.1
это должно исправить это.