Посмотрите на разрешениях: ls -ld /var/lib/mysql. Скорее всего, вы не имеете доступа на чтение к необработанным таблицам как обычный пользователь. Это сделано специально: эти каталоги содержат конфиденциальные данные пользователя.
Вы должны либо выполнить резервное копирование от имени пользователя root, и / или даже лучше: использовать схему дампа базы данных, например, automysqlbackupили создать свою собственную, например, с mysqldumpпомощью небольшого сценария.
Не рекомендуется выполнять резервное копирование самих каталогов необработанных данных, так как могут возникнуть проблемы, если вы выполняете резервное копирование во время транзакции и другие риски поврежденного резервного копирования и последующих проблем с восстановлением. Способ сделать это - попросить сервер MySQL выгрузить для вас данные в выбранном, легко восстанавливаемом формате.