Если вы уже добавили мета-питон, отредактируйте local.conf и добавьте:
IMAGE_INSTALL += "python-dev"
это добавит заголовок python в /usr/include/python2.7/, так что если вам нужен python3-dev, тогда
IMAGE_INSTALL += "python3-dev"
сделаю работу.
Надеюсь, это поможет вам, это сработало для меня.