Конечно ... так просто.
Ответ:
$cert.Import($certGetList + "\" + $_)
Каким-то образом он теряет источник объекта и пытается найти соответствующий файл локально, а не в общей сетевой папке. Мне нужно было явно направить его на сетевой ресурс для каждой итерации.