Каков точный путь для autoconfдвоичного файла? А может быть, что вы добавили к своему, PATHчтобы попытаться заставить его посмотреть там?
Не зная ничего о вашей настройке, мое простое предложение - попытаться зайти в папку с скомпилированным двоичным файлом, который вы хотите запустить, и выполнить команду следующим образом:
./autoconf --version Это говорит оболочке явно запускать autoconfскомпилированные вами в этом каталоге; просто запуск autoconf --versionбудет запускать установку системы autoconf.