Разрешения устанавливаются двумя разными программами. Если вы работаете в оболочке Linux, то значение оболочки для umask контролирует, как устанавливаются разрешения для новых файлов. С помощью Samba права доступа задаются значением «создать маску» или «маску каталога» вашего файла smb.conf (или, конечно, значениями по умолчанию, если вы их не устанавливали специально).
Вот выдержка из моего smb.conf (Ubuntu 10.4):
Маска создания файла установлена на 0700 по соображениям безопасности. Если хотите
создайте файлы с правами group = rw, установите следующий параметр на 0775.
; создать маску = 0700
Маска создания каталога установлена на 0700 по соображениям безопасности. Если хотите
создать реж. с разрешениями group = rw установите следующий параметр на 0775.
; маска каталога = 0700