Я не могу придумать автоматический способ сделать это, но я бы порекомендовал скачать смелость и редактировать аудио файлы.
Audacity - это просто бесплатное программное обеспечение для редактирования аудио, но вы можете использовать все, что угодно. Независимо от того, что вы используете, я думаю, что вырезать начало второго файла с избыточной информацией, а затем поместить два файла обратно и сохранить их в WAV, FLAC или MP3.
Если вы это сделаете, сделайте это, вам придется вручную редактировать таблицу с указанием времени каждой главы, но на самом деле это не должно занимать более 5 минут.
Удачи!