Самым простым, почему я нашел до сих пор, является использование mp3splt, который я нашел после исчерпывающего поиска. Он также разбивает файлы flac.
flacsplt -a -c cuefile.cue -d / directory / to / send / file flacfilename.flac
есть также интерфейс gtk для людей, которые любят подобные вещи. Mp3splt-GTK