Лично я бы не стал искать новый инструмент, а вместо этого, чтобы обернуть ваш рабочий процесс в сценарий для обеспечения правильного порядка.
Я предполагаю, что у вас есть какой-то способ определить правильный порядок, иначе это будет невозможно вообще. В идеале файлы должны быть названы так, чтобы они автоматически попадали в правильный порядок:
01ChapterTitleOne.pdf 02ChapterTitleTwo.pdf etc.
и так далее. Вы можете иметь номер главы в конце (как в примере Майкла), который нарушает сортировку. В этом случае вам следует добавить в сценарий рабочего процесса шаг, который переименовывает файлы, чтобы они упали в правильном порядке.
Пока файлы имеют одинаковые имена, это не должно быть проблемой. Если вы можете поделиться дополнительной информацией об именах, я уверен, что мы можем придумать сценарий BASH для этого.
Как только вы все правильно назвали, вы сможете использовать ту же команду, с которой вы начали, в качестве второго шага сценария рабочего процесса. Если это не сработало, вам понадобится немного более сложный скрипт BASH, который перебирает файлы в правильном порядке.
Все это стандартные вещи для сценариев BASH, но все это связано с последовательным именованием файлов.