Вы имеете в виду, что чистая загрузка может работать без проблем? Если это так, это может быть вызвано конфликтом третьей части.
Вы можете определить, какая из них может быть причиной, с помощью дихотомии в MSconfig. Проверка на половине службы, производимой не Microsoft, и перезапуск, определение того, какая половина служб вызывает проблему, и повторение проверки половины проблемных служб.
Подробную информацию об устранении неполадок с помощью чистой загрузки см. По этой ссылке:
Как выполнить чистую загрузку