Каталог / var / log / на первом сервере, который я проверял, занимал 100 МБ, поэтому сначала проверьте, не слишком ли много журналов. Я бы также взял копию на случай, если она поможет вам выяснить причину. Удаление журналов .gz не доставит вам никаких хлопот - я делал это много раз.
Конечно, они вернутся, поэтому вам, возможно, придется присматривать за ними. На большинстве моих серверов уровня 6.2 доступно несколько сотен МБ, поэтому у вас может быть что-то еще, занимающее место. Когда я сталкиваюсь с этой проблемой, обычно есть простая причина - например, кто-то пытается экспортировать виртуальную машину в / root. Это действительно вопрос поиска больших каталогов ( du -shx /*) и сравнения с сервером без проблем.