Любые обновления системы в последнее время ... Это звучит как Может это
Если у вас есть что-то, что работает, вы всегда можете просто поместить это в скрипт оболочки и оставить этот скрипт на своем пути.
В Debian вы можете создать каталог 'bin' в вашей домашней папке, и он будет автоматически включен в ваш путь; Я не уверен, работает ли он на Ubuntu, но шансы хорошие.
Итак, в ~ / bin создайте sublime-root.sh и поместите туда свой pkexec?