Вам не нужно запускать его, но это действительно хорошая идея. Проблема в том, что, если ваш компьютер выходит из строя, ваша операционная система не имеет возможности чисто размонтировать файловую систему. Таким образом, файловая система может перестать быть согласованной. Несовместимые файловые системы могут привести к значительным проблемам. Вы можете потерять файлы. У вас могут быть сшитые файлы (отредактируйте один файл, а его содержимое закончится другим). Что-то в этом роде. Если вы не решите эти проблемы, все ставки сняты.
Тем не менее, мне любопытно на ваш комментарий, что это занимает полчаса. Вы используете NTFS или FAT32? Если вы используете FAT32, переключитесь на NTFS. NTFS является журнализированной файловой системой . Помимо прочего, это означает, что проверка целостности файловой системы после сбоя должна быть значительно быстрее. Когда на меня вылетает Vista, проверка моего NTFS-раздела объемом 1,5 ТБ занимает менее пары минут, если не все пошло не так, как надо.
Запись в Википедии о fsck содержит более подробные сведения о том, зачем вам нужно проверять целостность файловой системы, хотя и с точки зрения операционных систем Unix и Linux.