cPanel не различает домены при проверке попыток входа в систему. Любая попытка входа на любую страницу, которая разрешается на сервере (то есть на любой домен или IP-адрес, использующий cpanel.субдомен прокси-сервера или :2083порт), будет проверяться на соответствие одному и тому же набору комбинаций пользователь / пароль.
Однако, учитывая ваш пример, один пользователь не может использовать разные пароли при входе в разные домены. Комбинации имени пользователя и пароля службы являются общесистемными и не могут быть изменены только для одного домена.