Дополнение от февраль 2013
Согласно этому ответу Adobe Reader XI снял ограничения, о которых я упоминал ранее.
Мой старый ответ :
Я думаю, что это невозможно вообще. Adobe использует личную цифровую подпись внутри документов, которые они помечают как «аннотации включены». После изменения этого документа с помощью стороннего программного обеспечения, такого как Foxit Reader, Amyuni PDF Creator и т. Д., Цифровая подпись перестает действовать. В настоящее время стороннее программное обеспечение не может создать эту подпись.