Этот вопрос задавался несколько раз в переполнении стека:
- https://stackoverflow.com/questions/464539/convert-to-pdf-a-and-check-compliance-under-linux
- https://stackoverflow.com/questions/569129/how-can-i-test-a-pdf-document-if-it-is-pdf-a-compliant
- https://stackoverflow.com/questions/2461852/free-java-library-for-converting-existing-pdf-to-pdf-a (IKVM можно использовать для работы в .NET.)
Ответы ссылаются на несколько библиотек с открытым исходным кодом, которые делают то, что вы хотите, с некоторыми оговорками:
- Конвертировать между сложными спецификациями сложно, и инструменты обычно имеют ошибки. Может быть невозможно конвертировать без потерь.
- Для преобразования может потребоваться информация, которой у вас нет, например метаданные XMP и шрифты на исходном компьютере.