Вы должны добавить пробелы вокруг вашего >>. Ваша оболочка считает, что у вас одно действительно длинное имя файла /disk1/hadoop/gunzip_tmp/in/part-00006.gz>>/disk1/hadoop/gunzip_tmp/outfile.000
и не видит >> или второе имя файла.
Вы должны написать:
gunzip -c /disk1/hadoop/gunzip_tmp/in/part-00006.gz >> /disk1/hadoop/gunzip_tmp/outfile.000
Обратите внимание на пространство вокруг >>