Вы можете использовать pam_succeed_if, чтобы пропустить проверку как bob in /etc/pam.d/su
, например
auth [success=2 default=ignore] pam_succeed_if.so use_uid user in bob auth sufficient pam_unix.so auth requisite pam_deny.so auth sufficient pam_google_authenticator.so auth requisite pam_deny.so