Вы уверены, что у вас нет нескольких сценариев, запускающих процесс, и тот, который вызывается первым, настроен для запуска с правами root? Сценарий должен иметь такой же эффект при запуске от имени пользователя root при запуске, как и во время работы.
Каковы особенности операционной системы?