Я не знаю, находитесь ли вы за корпоративным прокси, но мне помогло определение http_proxy и https_proxy со следующими значениями (пример для windows):
set http_proxy=http://proxy.company.com:8000/ set https_proxy=https://proxy.company.com:8000/ c:\Python27\Scripts\virtualenv.exe my-virtual-env