На самом деле, это оказалось просто чрезмерной настройкой параметра в моей теме появления. А именно, в ~/.themes/Xfce-darkness/gtk-3.0/gtk-widgets.css
,
* { /* inherit colors from parent */ color: inherit; background-color: inherit; }
Который заставил все принять цвет фона по умолчанию темы. Это включало также некоторый граничный элемент в окне Evince, который действительно должен был быть прозрачным.
Удаление этого (в любом случае сомнительного, потому что всеобъемлющего, а также совершенно ненужного для меня) предложения устранило проблему.